Sem contar as congregações locais pioneiras, a primeira instituição presbiteriana a ser criada em terras brasileiras foi o Presbitério do Rio de Janeiro, o primeiro concílio da Igreja Presbiteriana do Brasil. Como era de esperar, os missionários protestantes norte-americanos reproduziram nos campos estrangeiros as estruturas de suas igrejas nos Estados Unidos. Alguns missiólogos e historiadores têm questionado o acerto dessa estratégia. Argumentam que teria sido melhor criar igrejas evangélicas unidas, sem distinções denominacionais estranhas aos novos ambientes. Todavia, parece que no contexto da época isso seria difícil de acontecer. O fato é que, com o passar do tempo, os presbiterianos brasileiros organizaram presbitérios, mais tarde sínodos e por fim a Assembléia Geral ou Supremo Concílio.
A criação do primeiro presbitério resultou de uma necessidade prática e urgente. Como se sabe, no sistema presbiteriano a ordenação de ministros é uma prerrogativa exclusiva dos presbitérios. Nem pastores isoladamente nem igrejas locais podem fazê-lo, mas somente os presbitérios. E havia um candidato para ser ordenado na incipiente igreja nacional. Não era um candidato qualquer, mas o ex-sacerdote, agora convertido à fé evangélica, José Manoel da Conceição, que havia sido recebido por profissão de fé e batismo na Igreja Presbiteriana do Rio de Janeiro no dia 23 de outubro de 1864. Tratava-se de uma notável conquista para o trabalho presbiteriano ainda em seus primórdios e os missionários sentiam que o novo e talentoso correligionário poderia prestar melhores serviços à igreja na condição de ministro ordenado. Não seria realista enviá-lo aos Estados Unidos para a ordenação, e, além disso, havia chegado a hora de organizar o primeiro concílio, dada a existência de três igrejas locais, três pastores, e a promessa de muitos mais – obreiros e igrejas – nos anos seguintes.
Sendo o Rio de Janeiro a sede inicial da obra presbiteriana no Brasil, bem como a capital do império, resolveu-se dar esse nome ao novo concílio. Todavia, curiosamente a organização não ocorreu nessa cidade, e sim em São Paulo, onde seria mais fácil reunir os participantes. O evento se deu no dia 16 de dezembro de 1865, na sede da igreja presbiteriana recentemente organizada na capital paulista e residência do Rev. Alexander Latimer Blackford, um velho casarão colonial na Rua de São José (atual Líbero Badaró), nas imediações do Largo de São Bento. Era um sábado, às três horas da tarde.
O Rev. Ashbel Green Simonton apresentou a seguinte proposta: “Visto as circunstâncias em que nos achamos, e de acordo com a disciplina da Igreja Presbiteriana, da qual somos ministros e missionários, nós, Ashbel G. Simonton, do Presbitério de Carlisle, Alexander L. Blackford, do Presbitério de Washington, e Francis J. C. Schneider, do Presbitério de Ohio, querendo melhor promover a glória e o reino de Nosso Senhor Jesus Cristo no império do Brasil, julgamos útil e conveniente exercer o direito que nos confere a Constituição de nossa Igreja constituindo um Presbitério sob o governo e direção da Assembléia Geral da Igreja Presbiteriana dos Estados Unidos da América do Norte. Portanto, de conformidade com a forma da dita Igreja, de fato nos constituímos em um Presbitério que será chamado pelo título de Presbitério do Rio de Janeiro, o qual deverá estar anexo ao Sínodo de Baltimore”.
Aprovada a proposta, Simonton também propôs que Alexander L. Blackford fosse eleito moderador e como tal constituísse o novo presbitério com oração, segundo o Livro de Disciplina da igreja-mãe. Após a aprovação, Blackford ocupou a cadeira de moderador e orou em prol do novo concílio. A seguir, declarou formal e regularmente constituído o Presbitério do Rio de Janeiro, que poderia deliberar sobre qualquer matéria concernente à propagação do reino de Cristo no Brasil. Simonton foi eleito secretário permanente e Schneider, secretário temporário. O presbitério tinha somente três igrejas organizadas: Rio de Janeiro (12.01.1862), São Paulo (05.03.1865) e Brotas (13.11.1865). Os três missionários que o compunham eram ligados à chamada Igreja Presbiteriana do Norte dos Estados Unidos, a PCUSA.
A única outra deliberação dessa reunião inicial foi a ordenação de José Manoel da Conceição, que comunicou seu desejo de se tornar ministro do evangelho. O presbitério resolveu proceder aos exames indispensáveis, interrogando o candidato sobre os motivos que o levavam a desejar o ministério. Conceição respondeu satisfatoriamente várias perguntas sobre as evidências de sua vocação, bem como sobre se adotava a confissão de fé e a forma de governo da Igreja Presbiteriana. Simonton então propôs que o presbitério se declarasse satisfeito com as respostas, resolvendo-se que, em atenção às circunstâncias excepcionais em que se achava o candidato e ao pleno conhecimento que os membros do presbitério tinham de seus talentos e aptidão para exercer o ministério, fossem dispensados os exames de disciplinas teológicas e outras formalidades, exceto o sermão; que esse sermão fosse pregado no dia seguinte pela manhã, devendo versar sobre Lucas 4.18-19, e que a cerimônia de ordenação se realizasse no mesmo dia, sob a presidência do moderador. Por proposta de Schneider, Simonton foi encarregado da parênese. Nada mais havendo a tratar, suspendeu-se a sessão.
No dia 17 de dezembro, domingo, às dez e meia da manhã, Conceição pregou o sermão de prova a um auditório de 25 pessoas e foi aprovado pelo concílio. Às dezessete horas realizou-se o ato de ordenação. Blackford fez as perguntas constitucionais e a seguir houve a imposição de mãos sobre o candidato, que estava ajoelhado no centro. Simonton fez a saudação ao novo ministro com base em 2 Coríntios 5.20. Por fim, Conceição se dirigiu aos presentes falando de maneira comovida sobre suas novas responsabilidades. Entre os presentes tanto ao sermão de prova quanto à cerimônia de ordenação estava o Dr. James McFadden Gaston, um médico e futuro presbítero norte-americano que residiu por vários anos em Campinas e veio a ser sogro dos Revs. Alexander Blackford e John Benjamin Kolb. A reunião do presbitério foi encerrada no dia seguinte, 18 de dezembro.
A segunda reunião do presbitério verificou-se no Rio de Janeiro, na sala de cultos da Rua do Regente, de 5 a 10 de julho de 1866. Foi reeleito moderador o Rev. Blackford e na mesma sessão foi apresentado um novo candidato ao ministério – o evangelista George Whitehill Chamberlain, membro da 4ª Igreja de Washington. Ele foi examinado sobre sua experiência e vocação religiosa, ciências naturais, grego e latim. À noite proferiu sua homilia sobre Romanos 12.1-5. No dia seguinte, foi examinado sobre teologia e história eclesiástica. No dia 7 pregou o sermão de prova sobre João 6.29, sendo ordenado no domingo dia 8. Fez a parênese o Rev. Simonton e pregou o sermão de praxe o Rev. Conceição. No dia 10 foram lidos os primeiros relatórios pastorais por Simonton e Blackford. Conceição e Chamberlain deram relatório de suas viagens missionárias.
A terceira reunião ordinária também ocorreu na capital do império, de 11 a 16 de julho de 1867, na sala de cultos do Campo de Santana. Foi a última a que Simonton compareceu, pois viria a falecer poucos meses depois, em dezembro. Blackford novamente foi eleito moderador (ainda seria reeleito em 1868 e 1884). Chamberlain estava ausente nos Estados Unidos, estudando no Seminário de Princeton. Na sessão do dia 12 os ministros leram os seus relatórios. No dia 16, leram trabalhos sobre diferentes temas. O de Simonton era intitulado “Os meios necessários e próprios para plantar o reino de Jesus Cristo no Brasil”. Entre as decisões do presbitério estava uma representação à igreja-mãe pedindo mais missionários. Foi dirigida uma circular às igrejas organizadas encarecendo a importância da oração. Esse documento foi a primeira pastoral endereçada aos presbiterianos brasileiros.
Um evento significativo na vida do presbitério ocorreu em 1872. No dia 11 de outubro, o Diário Oficial publicou o decreto do governo imperial, referendado pelo conselheiro João Alfredo Corrêa de Oliveira, aprovando os artigos orgânicos da Sociedade Presbitério do Rio de Janeiro, que haviam sido assinados em 15 de julho de 1871 pelos Revs. Alexander L. Blackford, Francis J. C. Schneider, George W. Chamberlain, Robert Lenington e João Fernandes Dagama. Esse registro dos estatutos se fazia necessário para a legalização das propriedades da igreja. Na relação dos bens existentes, Blackford e Schneider declaravam entrar para a sociedade com o prédio e terreno situados na Travessa da Barreira (atual Rua Silva Jardim), onde a Igreja do Rio de Janeiro haveria de inaugurar o seu templo em 1874. Lenington fez a mesma declaração relativa a uma casa e terreno na vila de Brotas, na Província de São Paulo. Alguns dias depois, em 17 de outubro, D. Pedro II assinou uma carta régia confirmando a aprovação dos artigos orgânicos. Esse decreto foi mais um passo para o reconhecimento legal das igrejas protestantes no Brasil.
Por mais de duas décadas, o Presbitério do Rio de Janeiro foi o único concílio da Igreja Presbiteriana do Brasil, à exceção do antigo Presbitério de São Paulo, organizado pelos missionários da Igreja do Sul em Campinas, que existiu por apenas cinco anos (1872-1877). Somente em 1887 surgiu um novo presbitério, o de Campinas e Oeste de Minas. As reuniões do presbitério se alternavam entre o Rio de Janeiro e São Paulo. As únicas exceções foram as de 1875 e 1882, ambas em Rio Claro, e a de 1885, em Sorocaba. Nesse período inicial, os outros pastores ordenados pelo presbitério foram: William Dreaton Pitt (16.08.1869), Modesto Perestrello Barros de Carvalhosa (20.07.1871), Antônio Bandeira Trajano (10.08.1875), Miguel Gonçalves Torres (10.08.1875), Antônio Pedro de Cerqueira Leite (08.08.1876), Eduardo Carlos Pereira (02.09.1881), José Zacarias de Miranda e Silva (09.09.1881), João Ribeiro de Carvalho Braga (02.09.1885) e Caetano Nogueira Júnior (03.09.1886). Ao longo dos anos, também foram arrolados muitos missionários norte-americanos.
O Presbitério do Rio de Janeiro continua em existência até o presente, decorrido mais de um século e meio. Esse concílio histórico tem dado grandes contribuições à causa de Cristo no país e dos seus quadros têm saído muitos líderes destacados da Igreja Presbiteriana do Brasil. As igrejas que o compõem atualmente são as de Botafogo (1906), Caju (1908), Copacabana (1913), Gávea (1967), Tijuca (1967), Rio Comprido (1991), Vila Isabel (1992), São Cristóvão (1995) e Muda-Usina (1998). A Igreja Presbiteriana do Rio de Janeiro, matriz do presbiterianismo nacional, não mais o integra, fazendo parte do novo Presbitério do Redentor ao lado das igrejas das Américas, Libertas, Luz do Mundo e Raízes.