Desde o século 16, os reformados e presbiterianos têm valorizado grandemente a preparação dos seus ministros, criando instituições voltadas para esse fim. Foi o caso da Academia de Genebra, fundada por Calvino em 1559, cujo principal objetivo era treinar pastores para as igrejas reformadas da França. Esse fenômeno se repetiu em muitos países da Europa e mais tarde nos Estados Unidos, onde os presbiterianos criaram em 1726 o “Colégio de Toras” (Log College), na Pensilvânia, e poucas décadas depois o Colégio de Nova Jersey, antecessor da Universidade de Princeton. A necessidade de preparar um maior número de ministros resultou em 1812 na fundação do Seminário de Princeton, no qual estudaram Simonton e muitos outros missionários que vieram para o Brasil.
Entre nós, Simonton sentiu a mesma necessidade, o que o levou a estabelecer um pequeno seminário no Rio de Janeiro em 1867, poucos meses antes de seu falecimento. Sob a liderança do Rev. Alexander Blackford, esse seminário formou as “primícias” do ministério nacional: Modesto Carvalhosa, Antônio Trajano, Miguel Torres e Antônio Pedro de Cerqueira Leite. Todavia, a falta de professores e de recursos levou ao fechamento da pequena escola em 1870. Por mais de vinte anos os futuros pastores foram treinados pessoalmente por alguns missionários. Também funcionaram classes de teologia na Escola Americana (São Paulo) e no Colégio Internacional (Campinas).
Nova Friburgo e São Paulo
Ao se organizar o Sínodo Presbiteriano, em 1888, o problema veio à tona. No dia 8 de setembro, uma comissão especial composta pelos Revs. John Rockwell Smith, Delfino Teixeira, Donald C. McLaren, Belmiro de Araújo César e João Ribeiro de Carvalho Braga apresentou o seguinte relatório: “A comissão encarregada de dar parecer sobre o estabelecimento de um seminário teológico recomenda, como interesse da mais alta importância, que o Sínodo estabeleça um seminário ou classe teológica o mais breve possível, e que este seminário tenha não menos de dois professores”. Com base nesse parecer, o Sínodo resolveu criar um seminário com sede no Rio de Janeiro, sendo eleitos dois professores de teologia, Alexander Blackford e John R. Smith, representantes das duas missões presbiterianas que trabalhavam no Brasil.
Em 8 de setembro de 1891, foram eleitos professores os Revs. Eduardo Carlos Pereira e Thomas Jackson Porter, este último para substituir o Rev. Blackford, que havia falecido no ano anterior. Não foi possível iniciar o seminário no Rio, e tampouco em Campinas e Botucatu, outros locais que foram sugeridos. Finalmente as aulas tiveram início em 15 de novembro de 1892 em Nova Friburgo, para onde se transferiu o Rev. Smith com a família. Ele teve a colaboração do missionário local, Rev. John M. Kyle. Nesse período, quatro estudantes iniciaram os estudos – Franklin do Nascimento, Alfredo Guimarães, Alberto Meyer (filho do pastor luterano da cidade) e Vicente Themudo Lessa. A diretoria do seminário era composta pelos Revs. George Chamberlain, Modesto Carvalhosa, John M. Kyle, DeLacey Wardlaw, Caetano Nogueira Júnior e Álvaro Reis. Este último foi presidente desse órgão por muitos anos.
Em fevereiro de 1893, entendendo que as condições em São Paulo eram mais favoráveis que em Friburgo, o Rev. Eduardo Carlos Pereira iniciou o Instituto Teológico, que teve o apoio de muitos pastores e oficiais. Além do Rev. Eduardo, os professores seriam Bento Ferraz e Remígio de Cerqueira Leite. O Sínodo de 1894 aprovou essa iniciativa, determinando que o seminário se transferisse para a capital paulista e se fundisse com o Instituto Teológico, o que ocorreu em 25 de janeiro de 1895. Os primeiros estudantes de São Paulo que chegaram ao ministério foram Francisco Lotufo, José Maurício Higgins, Laudelino de Oliveira Lima e Erasmo de Carvalho Braga. Depois vieram, entre outros, José Ozias Gonçalves, Alfredo Borges Teixeira, Otoniel Mota, Ernesto Luiz de Oliveira, Matatias Gomes dos Santos, Constâncio Homero Omegna, Salomão Ferraz, Henrique Louro de Carvalho, Manoel Alves de Brito e Coriolano de Assumpção.
Em março de 1899 a diretoria do seminário constituiu-se em pessoa jurídica e em agosto foi inaugurada no bairro de Higienópolis, nas proximidades do Mackenzie, uma espaçosa sede própria, resultado de uma grande campanha financeira. Em 1901, o Rev. Samuel Gammon assumiu temporariamente a direção do seminário, que também passou a contar com a colaboração do jovem Rev. Erasmo Braga. Todavia, a crise resultante da divisão de 1903 forçou a transferência da casa de profetas para Campinas.
Campinas (Rua Dr. Quirino)
Em 1906, a IPB adquiriu da Igreja do Sul (PCUS) a magnífica propriedade em que havia funcionado o Colégio Internacional, nos altos da Rua Dr. Quirino, para onde o seminário se transferiu em janeiro de 1907. Foi intermediário dessa transação o Rev. Alva Hardie. Os primeiros alunos da nova fase foram Aníbal Nora, Alberto Zanon, João Pereira Garcia e Samuel Barbosa, que vieram de São Paulo. Depois ingressaram Américo Cardoso de Menezes, Basílio Braga, Bernardino de Souza, Herculano de Gouvêa Júnior, Miguel Rizzo Júnior, Otávio de Souza, Pascoal Luiz Pitta, Tancredo Costa, Teodomiro Emerique e dois congregacionais, todos os quais se formaram em 1912. Além dos Revs. John Rockwell Smith (reitor) e Erasmo Braga (deão), nos primeiros tempos em Campinas o corpo docente foi acrescido dos seguintes mestres: Thomas J. Porter (eleito em 1891!), George Henderlite (primeiro semestre de 1912), Herculano de Gouvêa Júnior, James Porter Smith e Miguel Rizzo Júnior.
Nos anos 20 e 30, passaram a colaborar com a instituição os seguintes professores: Robert Dale Daffin, Constâncio Homero Omegna, Teodomiro Emerique, Roberto Frederico Lenington, William (Guilherme) Cleary Kerr, José Carlos Nogueira, José Borges dos Santos Júnior e Jorge Thompson Goulart. Também foram colaboradores ocasionais do seminário os Revs. Henrique Vogel, Otoniel Mota, Norivaldo Nicácio e o maestro Carlos Zink, e do curso pré-teológico os Revs. William Sim, Orlando Ferraz, Henrique Maurer Júnior e René Vogel. O curso pré-teológico anexo ao seminário, criado em 1925 com duração de um ano, foi ampliado para dois anos em 1935. Em março de 1936, a Assembléia Geral da IPB reunida em Caxambu determinou que o seminário passasse a denominar-se Faculdade de Teologia. No período inicial em Campinas, foram tesoureiros da instituição os presbíteros Cel. Joaquim Ribeiro dos Santos, Gustavo Dias de Assumpção e Carlos José Rodrigues.
No final do século 19, a biblioteca do seminário possuía cerca de 1.100 volumes doados por diversos missionários e outras pessoas. Um dos maiores beneméritos nessa área foi o Rev. John M. Kyle (falecido em 1918), o que levou a diretoria, em 1925, o dar o seu nome à biblioteca. Os primeiros bibliotecários foram os Revs. Erasmo Braga, James Porter Smith e Herculano de Gouvêa Júnior. Em 1923, o Rev. Robert Daffin fundou a Sociedade Amigos do Seminário, mais tarde presidida pelo conhecido médico Dr. Hermas de Carvalho Braga, irmão do Rev. Erasmo. Por algum tempo, pensou-se em levar o seminário de volta para São Paulo, tendo sido adquirido no bairro Indianópolis um terreno para esse fim. Todavia, a crise econômica de 1929 impediu esse projeto. Outro fato que causou grandes apreensões foi a criação do Seminário Unido, no Rio de Janeiro. Por alguns anos houve dúvidas quanto à sobrevivência do Seminário do Sul, que teve um grande defensor na pessoa do veterano Rev. Herculano de Gouvêa.
Em 19 de março de 1935, por iniciativa do acadêmico Natanael Emmerich, foi fundado o Centro Acadêmico Oito de Setembro (CAOS), com o objetivo de promover a cultura cívica e literária de seus membros. Em 1939, foi criada a Revista da Faculdade de Teologia da Igreja Cristã Presbiteriana do Brasil, sendo seu diretor o Rev. Guilherme Kerr. Em 1952, sob a direção do Rev. Filipe Landes (reitor), passou a denominar-se Revista Teológica do Seminário Presbiteriano do Sul. Foram as precursoras da atual Revista Teológica.
Além dos já citados, outros dos antigos ex-alunos do SPS que se destacaram no ministério foram Amantino Vassão, Américo Justiniano Ribeiro, Antônio Marques da Fonseca Júnior, Apolinário Sathler, Augusto Araújo, Avelino Boamorte, Benjamim César, David Azevedo, Francisco Alves, Galdino Moreira, Gutemberg de Campos, Jacob Silva, Jader Gomes Coelho, Jorge César Mota, Josué de Salles, Júlio Camargo Nogueira, Leonardo de Campos, Ludgero Braga, Luiz Lenz de Araújo César, Luiz Rodrigues Alves, Mário Lício, Raimundo Loria, Renato Ribeiro dos Santos, Sinval Morais, Trasilbo Filgueiras, Uriel de Moura, Valério Silva, Waldemar Wey, Waldyr Carvalho Luz e muitos mais.
Campinas (Avenida Brasil)
Com o crescimento do seminário, surgiu a necessidade da mudá-lo para local mais amplo. Foi então que o Rev. Edward Epes Lane (filho do pioneiro de Campinas) e D. Mary forneceram os terrenos nos altos da Avenida Brasil, sendo a pedra fundamental lançada em 1945. O edifício foi construído na gestão do Rev. Américo Justiniano Ribeiro à frente da diretoria, sendo inaugurado, ainda inacabado, em 8 de setembro de 1949. A partir dessa época, somaram-se aos veteranos Herculano Júnior, Jorge Goulart e Guilherme Kerr diversos novos docentes: Júlio Andrade Ferreira, Eliseu Narciso, M. Richard Shaull, Waldyr Carvalho Luz, Samuel Martins Barbosa, Floyd Sovereign, Earle Roberts, Robert Evans, Osmundo Miranda, Francisco Penha Alves, Adauto Araújo Dourado e Américo Ribeiro.
Em face dos acontecimentos na vida da igreja e da sociedade, o Seminário do Sul enfrentou uma profunda crise nos anos 60 e 70. A Comissão Especial de Seminários, criada em 1966, tomou rígidas medidas administrativas e disciplinares, sendo dispensados os professores Júlio Andrade Ferreira (reitor), Samuel Barbosa, Eliseu Narciso, Francisco Alves e Antônio Marques. Entre os novos mestres estavam Odayr Olivetti, Joás Dias de Araújo, Wilson Castro Ferreira, Matheus Benevenuto, Silas de Campos e Nídia Kerr. Alguns anos depois, também foram demitidos os professores Américo Ribeiro e Waldyr Luz. Em 1968, foi criado o Centro Teológico Jorge Goulart, substituindo o Centro Acadêmico Oito de Setembro. O seminário contava com dois conjuntos vocais, Jovens de Cristo e Mensageiros de Cristo, que visitavam as igrejas e realizavam trabalhos evangelísticos.
Nos anos 70 e 80, ocuparam a reitoria Eduardo Lane, Raimundo Loria, Jackson Macedo de Souza, Klaas Kuiper e Lázaro Lopes de Arruda, sendo deão Oadi Salum. Os demais professores eram Paulo Viana de Moura, Curtis Goodson, Ludgero Machado Morais, Mário Lício, Olivar Alves dos Reis e Oswaldo Dias de Lacerda. Em 1973, começou a funcionar o Curso Intensivo de Teologia, idealizado por Odayr Olivetti, cuja primeira turma se formou em janeiro de 1975. Visava treinar homens experientes que já trabalhavam como obreiros e evangelistas. Entre os professores estavam Odayr Olivetti, Hélio Paula Vieira, Osvaldo Henrique Hack, Rubens Pires do Amaral Osório, Paulo Viana e Oadi Salum.
Nos anos 80, o Seminário do Sul criou extensões em São Paulo (1980), Rio de Janeiro (1982), Belo Horizonte (1983) e Goiânia (1983). Essas extensões deram origem, respectivamente, aos Seminários Rev. José Manoel da Conceição, Rev. Ashbel Green Simonton, Rev. Denoel Nicodemos Eller e Brasil Central. Em 1988, o seminário comemorou o seu centenário, sendo realizados cultos especiais em Nova Friburgo, São Paulo e Campinas. Em 1992, foi criado um curso de mestrado em Educação Cristã, que ficou sob a coordenação do Rev. Ademar de Oliveira Godoy, estando entre os docentes a professora Sherron Kay George. Posteriormente, surgiu o mestrado em Missiologia. No final dos anos 90, foi reorganizada a Sociedade de Amigos e Amigas do Seminário. Também foram criados dois cursos de pós-graduação lato sensu: Plantação e Revitalização de Igrejas e Teologia para Graduados, coordenados respectivamente pelos Revs. Ricardo Agreste da Silva e João Cesário Leonel Ferreira. Em 2002, o Seminário de Campinas passou a sediar uma extensão da Universidade Presbiteriana Mackenzie, tendo sido construído no seu campus o magnífico Edifício Eduardo Lane. Quatro anos depois, foi reinaugurado nas dependências do seminário o Museu Presbiteriano Rev. Júlio Andrade Ferreira. Outras contribuições ao longo dos anos têm sido os Institutos de Pastores e a Semana Teológica. O seminário também tem hospedado grande número de congressos e outros eventos da igreja. Nas últimas décadas, foram diretores da instituição os Revs. Wilson do Amaral Filho, William Lacy Lane (Billy), Adão Carlos Ferreira do Nascimento e Carlos Henrique Machado (atual). Embora não tenha o mesmo prestígio de meados do século 20, quando era considerado o melhor seminário teológico protestante da América Latina, o Seminário do Sul continua prestando valiosos serviços à igreja e ao reino de Deus.