Durante quase trinta anos desde a chegada do Rev. Ashbel Green Simonton, os únicos concílios presbiterianos no Brasil foram alguns poucos presbitérios. Primeiro surgiu o Presbitério do Rio de Janeiro, em 1865. Depois, o Presbitério de São Paulo, dos missionários da região de Campinas, que teve curta duração (1872-1877). Mais tarde, ele foi reorganizado com o nome de Presbitério de Campinas e Oeste de Minas (1887). Por fim, veio à existência o Presbitério de Pernambuco (1888). O primeiro estava filiado à Igreja do Norte (PCUSA) e os outros dois à Igreja do Sul dos Estados Unidos (PCUS).
Com o passar do tempo e o crescimento do trabalho, os missionários e seus colegas nacionais concluíram que era chegada a hora de unir as suas forças em um único concílio – o Sínodo da Igreja Presbiteriana no Brasil. Esse foi um fato muito significativo: presbitérios filiados a duas denominações norte-americanas resolveram criar uma só organização eclesiástica no Brasil. Para tal, obtiveram a autorização de suas respectivas igrejas nos Estados Unidos, que aprovaram o “Plano de União das Igrejas Presbiterianas do Brasil”.
A organização
Os três presbitérios reuniram-se no Rio de Janeiro na noite de 6 de setembro de 1888 para o ato solene de instalação do Sínodo. A reunião foi presidida pelo Rev. George W. Chamberlain, tendo como secretário o Rev. John W. Dabney, os quais haviam sido comissionados para tal. Exposto o propósito da reunião, o Rev. Edward Lane pregou um sermão com base em Lucas 1.32 e 33, conforme o programa elaborado. A seguir, os respectivos secretários fizeram a chamada dos membros componentes de cada presbitério.
O Rev. Alexander L. Blackford, que era o mais antigo dos missionários presentes, leu o ato constitutivo: “Nós, os membros dos Presbitérios do Rio de Janeiro, de Campinas e Oeste de Minas, e de Pernambuco, autorizados pelas Assembléias Gerais de nossas respectivas igrejas nos Estados Unidos, nos desligamos delas e, juntamente com as igrejas pertencentes aos Presbitérios acima mencionados, nos constituímos em um Sínodo que deverá ser chamado Sínodo da Igreja Presbiteriana no Brasil, sobre as seguintes bases”.
Em seis artigos, foram estabelecidos os padrões da igreja e os limites do Sínodo. O Presbitério do Rio de Janeiro, o mais antigo, era o único que estava devidamente registrado segundo as leis do país. O Presbitério de Campinas e Oeste de Minas deixou de existir, sendo substituído por outros dois: Presbitério de São Paulo e Presbitério de Minas. A mesa do Sínodo ficou assim constituída: moderador – Rev. Alexander L. Blackford; vice-moderador – Rev. Edward Lane; secretário permanente – Rev. Modesto Perestrello Barros de Carvalhosa; secretários temporários – Revs. Eduardo Carlos Pereira e João Batista de Lima.
Em nome da Assembléia Geral da PCUSA, vieram assistir à organização do Sínodo os Revs. Charles E. Knox e J. Aspinwall Hodge, que posteriormente prestaram um detalhado relatório à sua igreja. O bispo John C. Granbery saudou o Sínodo em nome da Igreja Metodista Episcopal do Sul. Foram lidas uma carta da Igreja Reformada da América e uma resolução do 4º Concílio Geral da Aliança Presbiteriana, encaminhada através do Rev. Emanuel Vandorden.
Membros fundadores
Os missionários que entraram na composição do novo concílio foram os seguintes: (1) da Junta de Nova York (PCUSA): Revs. Alexander Latimer Blackford, Francis Joseph Christopher Schneider, George Whitehill Chamberlain, João Fernandes Dagama, Emanuel Vanorden, John Beatty Howell, George Anderson Landes, John Merrill Kyle, John Benjamin Kolb e Donald Campbell McLaren; (2) do Comitê de Nashville (PCUS): Revs. Edward Lane, John Rockwell Smith, John Boyle, John Watkins Dabney, DeLacey L. Wardlaw, George William Butler, George Wood Thompson e William Lucas Bedinger.
Quanto aos ministros nacionais, participaram da organização: (1) relacionados com Nova York: Modesto P. B. Carvalhosa, Antônio Bandeira Trajano, Eduardo Carlos Pereira, José Zacarias de Miranda, João Ribeiro de Carvalho Braga e Caetano Nogueira Júnior; (2) ligados à missão do sul: Revs. Delfino dos Anjos Teixeira, João Batista de Lima e Belmiro de Araújo César.
Deixaram de comparecer, da Junta de Nova York, os Revs. Robert Lenington e James Theodore Houston; dos ministros nacionais, os Revs. Miguel Gonçalves Torres, Manoel Antônio de Menezes e José Primênio da Silva. Os dois primeiros eram frutos da Missão de Nova York; Primênio, da de Nashville. Em síntese, estiveram presentes 18 missionários e 9 nacionais, totalizando 27 ministros; e ausentes, 2 missionários e 3 nacionais, dando um total geral de 32. As 61 igrejas e congregações jurisdicionadas tinham 2.947 membros comungantes.
O número de presbíteros do primeiro Sínodo foi reduzido – José de Azevedo Granja (Rio de Janeiro), William Calvin Porter (Recife), José Antônio de Lemos (Itatiba); Antônio da Silva Rangel (Mogi-Mirim), Flamínio Augusto Rodrigues (Campinas), sendo seu suplente Álvaro Reis, e Manoel da Costa (São Paulo). Desses, quatro se tornaram pastores: Granja, Porter, Flamínio e Álvaro. Deixou de ser membro fundador do Sínodo o presbítero João da Mata Coelho, de Cruzeiro, que se retirou antes da organização. O Rev. Robert Lenington, arrolado no Sínodo, não voltou mais ao Brasil. O Rev. Houston regressou anos mais tarde, por pouco tempo (1890).
Resoluções
O Sínodo adotou como padrões doutrinários a Confissão de Fé e os Catecismos de Westminster, e como forma de governo e disciplina o Livro de Ordem utilizado pela Igreja do Sul, com algumas modificações. Foram criadas quatro comissões: Publicações, Educação, Missões Nacionais e Missões Estrangeiras. Foi nomeada uma comissão para a revisão da Bíblia em português e aprovado um plano de evangelização. Foram nomeados representantes para solicitar às igrejas americanas o envio de pelo menos 26 novos missionários. Adotou-se um plano para a nomeação provisória de obreiros auxiliares leigos aptos para o ensino.
Além da criação dos Presbitérios de São e de Minas, outra decisão importante do Sínodo foi o estabelecimento do Seminário Presbiteriano, no dia 8 de setembro. Todavia, o seminário só começou a funcionar quatro anos mais tarde, em 1892, na cidade de Friburgo. Dos professores eleitos pelo Sínodo, só o Rev. John Rockwell Smith assumiu o cargo, visto que seu colega Alexander Blackford faleceu em 1890.
Ao retornarem para os Estados Unidos, os representantes americanos pediram à Assembléia Geral da PCUSA o envio de novos missionários e educadores ao Brasil, para aliviar os obreiros sobrecarregados que labutavam naquele campo. Também sugeriram a imediata dotação de um colégio “verdadeiramente cristão” em São Paulo, “como um meio necessário para o progresso de nossas missões naquele império”. O resultado foi a criação do Colégio Protestante de São Paulo ou Mackenzie College.
Reuniões posteriores
O Sínodo devia reunir-se a cada três anos. As reuniões ordinárias seguintes foram as de 1891 (São Paulo), 1894 (Rio de Janeiro), 1897 (São Paulo), 1900 (Campinas), 1903 (São Paulo) e 1906 (São Paulo). Houve também uma reunião extraordinária em 1896, em Campinas. A reunião mais palpitante foi a de 1903, na qual ocorreu o cisma presbiteriano, com a criação da Igreja Presbiteriana Independente. Haviam falecido alguns líderes influentes e ponderados, que poderiam ter dado outro rumo aos acontecimentos: Alexander Blackford, Edward Lane, Miguel Torres, John Boyle e George Chamberlain.
Nesse ano, transcorridos 15 anos desde a sua criação, o Sínodo tinha 10 comissões permanentes: Missões Nacionais, Missões Estrangeiras, Ministros Inválidos, Publicações, Edificação de Templos, Plano de Missões Nacionais, Esforço Cristão, Arbitragem, Regimento Interno e Limites. O rol de ministros havia subido para 52 e o de igrejas para 65. Os presbitérios agora eram seis: Minas, Oeste de São Paulo, Pernambuco, Rio de Janeiro, São Paulo e Sul. Em 1907 foi criado o Presbitério Bahia-Sergipe.
O Sínodo histórico reuniu-se pela última vez em 1907, no Rio de Janeiro. O concílio aprovou sua própria dissolução e a organização da Assembléia Geral. Em 1909 reuniram-se os novos sínodos – do Norte e do Sul. No ano seguinte, aos 7 de janeiro, foi organizada a Assembléia Geral da Igreja Presbiteriana do Brasil. O moderador do último sínodo e o instalador da Assembléia Geral foi o veterano Modesto Carvalhosa, que se aproximava do seu 40º ano de ordenação. O primeiro moderador da Assembléia Geral foi o Rev. Álvaro Reis, pastor da Igreja do Rio de Janeiro. A IPB tinha 10.000 membros comungantes, igual número de não comungantes e cerca de 150 igrejas. Era a maior denominação evangélica do Brasil.