Mesa do Supremo Concílio
– Presidência
– Vice-Presidência
– Secretaria Executiva
– Tesouraria
Tribunal de Recursos
Autarquias
– Agência Presbiteriana de Evangelização e Comunicação (APECOM)
– Luz Para o Caminho (LPC)
– Casa Editora Presbiteriana (CEP) – Editora Cultura Cristã
– Agência Presbiteriana de Missões Transculturais (APMT)
– Conselho de Curadores do Instituto Presbiteriano Mackenzie
Secretarias Nacionais
– Apoio Pastoral
– Pessoa Idosa
– Trabalho Masculino
– Trabalho Feminino
– Trabalho com a Mocidade
– Trabalho com Adolescentes
– Trabalho da Infância
Juntas e Comissões
– Junta Patrimonial, Econômica e Financeira (JPEF)
– Comissão de Organização, Sistemas e Métodos (COSM)
– Comissão de Previdência, Saúde e Seguridade (CPSS)
– Comissão de Relações Inter-Eclesiásticas (CRIE)
– Comissão Nacional Presbiteriana de Educação (CONAPE)
– Comissão Permanente do Digesto Presbiteriano
Conselhos
– Conselho de Ação Social (CAS)
– Conselho Presbiteriano de Capelania (CPC)
– Conselho de Educação Cristã e Publicações (CECEP)
– Conselho de Hinologia, Hinódia e Música (CHHM)
Evangelização
– Agência Presbiteriana de Evangelização e Comunicação (APECOM)
– Agência Presbiteriana de Missões Transculturais (APMT)
– Junta de Missões Nacionais (JMN)
– Plano Missionário Cooperativo (PMC)
– Luz Para o Caminho (LPC)
– Missão Evangélica Caiuá
Educação
Associação Nacional de Escolas Presbiterianas (ANEP)
Fundação Educacional Presbiteriana (FEP)
Institutos Bíblicos
– Instituto Bíblico Eduardo Lane (IBEL)
– Instituto Bíblico do Norte (IBN)
– Instituto Bíblico Augusto Araújo (IBAA)
Seminários
Seminário Presbiteriano do Sul (Campinas)
Seminário Presbiteriano do Norte (Recife)
Seminário Teológico Presbiteriano Rev. Denoel Nicodemos Eller (Belo Horizonte)
Seminário Teológico Presbiteriano Rev. Ashbel Green Simonton (Rio de Janeiro)
Seminário Teológico Presbiteriano Rev. José Manoel da Conceição (São Paulo)
Seminário Teológico do Nordeste (Teresina)
Seminário Presbiteriano de Brasília
Seminário Presbiteriano Brasil Central (Goiânia)
Seminário Presbiteriano de Manaus
Seminário Presbiteriano de Campinas – Extensão em Curitiba
Pós-Graduação
Centro Presbiteriano de Pós-Graduação Andrew Jumper – CPAJ (São Paulo)
Juntas
– Junta de Educação Teológica (JET)
– Juntas Regionais de Educação Teológica (JURETs)
– Conselho de Curadores da Fundação JMC
Escolas
Instituto Presbiteriano Mackenzie (São Paulo)
Instituto Presbiteriano Gammon (Lavras)
Colégio Presbiteriano Agnes Erskine (Recife)
Colégio Presbiteriano 15 de Novembro (Garanhuns)
Escola Presbiteriana Erasmo Braga (Dourados)
Escola Presbiteriana de Alta Floresta